Однажды клан Учиха (うちは一族, "Uchiha Ichizoku") был сильнейшим кланом и одним из создателей Конохи. Большинство членов клана обладали необычайно сильной чакрой и Шаринганом. Клан Учиха располагает собственным кварталом в деревне и полиция Конохи состоит из Учих..

Кеккей Генкай Учиха это Додзюцу Шаринган. При использовании радужка окрашивается в красный цвет и вокруг зрачка образуются три формы, так называемые Томоэ. Основные способности этого Додзюцу распознавать другие техники. Строго говоря Шаринган состоит из Досатсугана, взгляда проницательности, и Саимингана, взгляда гипноза. Это позволяет постигать и в какой то степени даже предсказать движения. К тому же Шаринган способен копировать техники увидев их первый раз, позволяет свою пользователю читать по губам, видеть чакру других людей и усиливает Гендзюцу своего пользователя, так же осложняет противникам наложение иллюзий на носителя Шарингана.

[font=Century Gothic] - Клан Кагуя - к началу Шиппудена вымерший клан, живший в стране воды. Обладал удивительным Кеккей генкай - члены клана могли манипулировать своими костями, заменяя поврежденные и даже используют извлеченные из тела части скелета как оружие.

- Клан Сенджу (千手一族, "Senju Ichizoku"), так же Сенджу клан леса (森の千手一族, "Mori no Senju Ichizoku"), считался одним из сильнейших кланов, которого опасались другие. Происхождение клана базируется на решении Рикудо Сеннина, разделить свою силу на двух воинов. Младший стал основателем клана Сенджу. Единственный клан, который, по словам Мадары, был способен тягаться с кланом Сенджу был клан Учиха.

- Этот клан - один из кланов Мизу но Куни. Ничего особенного в истории мира шиноби он не совершил, единственное что известно клан владеет геном Льда.

- Потомки шиноби Пакура - шиноби Сунагакуре.

- Потомки шиноби Даруи - Шиноби Кумокагуре

- один из известнейших кланов Кумокагуре

(猿飛一族, "Sarutobi Ichizoku") - один из кланов Конохагакуре. Tретий Хокаге был его членом.

- Один из старейших кланов Селения Скрытого Листа, обладающий наследственным даром под названием бьякуган ("белый глаз") и использующий целый ряд тайджутсу, на нём построенных. Какаши в первой части манги сказал, что ныне исчезнувший Клан Учиха некогда выделился именно из клана Хьюга, этим объясняется сходство кеккей генкай кланов и то, что Бьякуган сильнее Шарингана.
Долгое время клан, не только древнейший, но самый большой, влиятельный и сильный в Конохе, был разделен надвое - на основную ветвь (宗家, Sōke) и на побочные ветви (分家, Bunke), которые служили основной ветви клана. Главной особенностью было то, что на побочные ветви было наложена печать, благодаря которой представители основной ветви клана могли убить носителя печати щелчком пальцев - это было сделано, чтобы защитить секрет Бьякугана от попадания не в те руки, но за годы существования печати сложилось так, что представители побочных ветвей жили с одной лишь целью - служить и защищать представителей основной ветви клана.

-  известен благодаря способности манипуляции тенями, а также выращиванию оленей на принадлежащей им территории. Также обладает многими накопленными знаниями в области медицины.
Имеет особые отношения с кланами Акимичи и Яманака. В двух поколениях члены этих кланов создали трио "ИноШикаЧо"

-  проживает в Конохагакуре и специализируется на силе. С помощью техник они способны увеличивать части своего тела или же всё тело. С помощью самодельных таблеток они увеличивают свою силу. У таких таблеток так же есть побочные эффекты. Клан Акимичи дружит с кланами Нара и Яманака. Чoджи является членом клана Акимичи и, как и все остальные члены клана, довольно полный. Однако некоторые техники клана срабатывают только благодаря полноты тела. Не щеках мужских членов клана есть узоры.

Клан Яманака (山中一族) - имеет цветочный магазин в Конохе и специализируется на техниках разума, такие как, манипулируя сознанием своих оппонентов. Они также имеют способности сенсоров и их методы общаться телепатически на больший расстояниях.
Клан Яманака, кажется, имеет особые отношение с кланом Акимичи и Нара. По крайней мере,в двух поколениях, члены этих трех кланов создали команду "Ино-Шика-Чо", названный в честь первых букв имен.

- Клан Узумаки проживал в стране водоворота и был со страной огня в дружеских отношениях. Этот клан отдаленно родственнeн клану Сенджу, отчего связь между обеими странами еще более усилилась.
Члены клана Узумаки были очень талантливы во всём, что касалось Фуин-Дзюцу. Хакке но Фуин Шики на животе Наруто базируется на различных техниках клана.
В ходе мировой войны шиноби, которая господствовала в то время в мире шиноби, деревня водоворота была полностью уничтожена, так как многие боялись мощных техник печати. Те, кто выжил, разбежались по миру.
Из-за лояльности Коноха взяла себе знак деревни водоворота и стала пришивать его к различной одежде, как на пример куртка Чуунина.

- Клан Инузука-клан собаководов.Oни связаны с собаками. Они разделяют некоторые их черты, например уникальное обоняние Кибы.

- Клан Абураме (油女閥族) проживает в Конохагакуре и сражается насекомыми, которые живут в их телах. Насекомые питаются чакрой шиноби, взамен помогая им в бою. Особенность клана - стиль одежды всех членов похож.
Когда Коноху атакует клан Камизуру, семья из Ивагакуре, которая так же использует насекомых, однако не жуков, а пчел, клан Абураме составляет первую оборонительную линию и побеждают врагов. Это историческое сражение обосновывает славу Абураме и приводит к почти полному уничтожению клана Камизуру.

- По легенде, в ней каждый сотый ребенок обладает удивительной способностью превращать собственное тело в воду.

- Клан Кирикагуре, создал клан Генджи потомок Хошикаге Кисаме, унаследовал от предка физическую силу и огромный запас чакры + дыхание под водой.